w odpowiedzi Karol pozbawił go dowództwa i zwolnił ze swej służby. Do zakończenia angielskiej wojny domowej książę już nie otrzymał dowództwa nad armią. Po upadku Oksfordu w 1646 parlament skazał go wraz z bratem na banicję.
Przez pewien czas Rupert dowodził wojskami sformowanymi z angielskich wygnańców w armii francuskiej. W 1647 został raniony służąc pod marszałkiem de Gassionem oblegającym twierdzę La Bassée. Później, po pojednaniu się z Karolem Stuartem, uzyskał dowództwo nad flotą rojalistów. Nastąpiła długa i bezproduktywna kampania na rozległym akwenie od Kinsale do Lizbony i od Tulonu po Wyspy Zielonego Przylądka. W następstwie porażki zadanej mu przez admirała Roberta Blake’a Rupert schronił się w Indiach Zachodnich. Rozpoczął tam życie typowe dla bukaniera, łupiąc angielskie statki handlowe. Na wygnaniu ponownie doszło do zwady księcia z królewskimi doradcami i bezczynne lata 1654–1660 spędził on w Niemczech, jako młodszy syn na próżno usiłując (zarówno wcześniej, jak i potem) wydobyć należne mu apanaże od swego brata, elektora Palatynatu Karola Ludwika.