Następnie odszedł do greckiego Iraklisu Saloniki, a w 2010 roku po rozwiązaniu kontraktu z tym klubem stał się wolnym zawodnikiem. W 2011 roku został piłkarzem chińskiego Chongqing Lifan. Następnie grał też w: HNK Rijeka, DPMM FC i Persiji Dżakarta.
Bošnjak był 2-krotnie mistrzem Chorwacji – w 2001 roku z Hajdukiem oraz w 2006 z Dinamem. W 2000 roku został uznany za najlepszego gracza ligi chorwackiej.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1996/97 HNK Cibalia
Prva HNL 3 0 1997/98 HNK Cibalia
Prva HNL 0 0 1998/99 HNK Cibalia
Prva HNL 27 7 1999/00 HNK Cibalia
Prva HNL 32 14 2000/01 Hajduk Split
Prva HNL 30 7 2001/02 Hajduk Split
Prva HNL 23 2 2002/03 Al Ittihad
I. liga 0 0 2003/04 Dinamo Zagrzeb
Prva HNL 9 1 2004/05 Dinamo Zagrzeb
Prva HNL 25 10 2005/06 Dinamo Zagrzeb
Prva HNL 27 22 2006/07 Racing Genk
Eerste Klasse 14 6 2007/08 Racing Genk
Eerste Klasse 27 3 2008/09 Racing Genk
Eerste Klasse 18 0 2009/10 Iraklis Saloniki
Alpha Ethniki 13 0 2011 Chongqing Lifan
League One 22 6 2011/12 HNK Rijeka
Prva HNL 4 0 2013 DPMM FC
S-League 5 0 2014 Persija Dżakarta
Super League 14 4