Towarzystwo Przyjaciół Fordonu z Radą Osiedla Fordonu wystąpiło w 1992 o adaptację synagogi na cele kulturalne dla miasta. Projekty wykonała Autorska Pracownia Projektowania Architektonicznego Krzysztofa Kempy, częściowo nawiązujące do dawnego charakteru budynku i jego przeznaczenia. Projekt przewidywał powrót empor, odsłonięcie zamurowanych okien bocznych, przywrócenie elewacji frontowej do pierwotnego wyglądu. W części podziemnej przewidywano szatnię, sanitariaty i część gastronomiczną.
Pierwsze prace porządkowe w synagodze i wokół niej przeprowadziła młodzież z „Pokolenia” i „Grupy Czyczkow”. W latach 1991–1993 organizowano różne imprezy: koncerty muzyki żydowskiej, koncerty poezji śpiewanej, imprezy słowno-muzyczne, występy chórów szkolnych, szkolnych teatrów amatorskich, imprezy w ramach Bydgoskiego Miesięcznika Kulturalnego. Spory związane z ustaleniem praw własności wstrzymały wszelkie inicjatywy. Chylący się ku upadkowi budynek na początku 2005 Fundacja Ochrony Dziedzictwa Kultury Żydowskiej nieodpłatnie przekazała bydgoskiej Fundacji Kultury „Yakiza”, która uratowała budynek przed ruiną. W 2013 właścicielem synagogi została Fundacja dla Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego.