22 września 1950 został niespodziewanie aresztowany przez Główny Zarząd Informacji. Poddano go ciężkiemu śledztwu, podczas którego był torturowany przez oficerów śledczych: kpt. Mikołaja Kulika, ppor. Jana Maja i mjr. Eugeniusza Niedzielina. 21 lipca 1952 Najwyższy Sąd Wojskowy w Warszawie wydał wyrok w sprawie „zorganizowania spisku w wojsku”, czyli tzw. „spisku komandorów”. Pod fałszywym zarzutem działalności szpiegowskiej 7 oficerów Marynarki Wojennej skazano na karę śmierci lub dożywotnie więzienie, pomimo wycofania w procesie wymuszonych zeznań. W końcu 1952 w więzieniu na warszawskim Mokotowie zostali pozbawieni życia strzałem w tył głowy: kmdr Stanisław Mieszkowski (16 grudnia), kmdr por. Zbigniew Przybyszewski (16 grudnia) i kmdr Jerzy Staniewicz (12 grudnia). Zwłoki komandorów Mieszkowskiego i Przybyszewskiego zostały przez organa bezpieczeństwa publicznego potajemnie pogrzebane. W więzieniu pozostali aż do 1956 roku: kmdr por. Robert Kasperski, kmdr por. Kazimierz Kraszewski, kmdr por. Wacław Krzywiec i kmdr Marian Wojcieszek. Decyzją Naczelnego Sądu Wojskowego z 24 kwietnia 1956 postępowanie karne zostało wznowione i po ponownym rozpatrzeniu sprawy uchylono wyrok z 1952, stwierdzając całkowitą niewinność skazanych.