Po 1862 pełnił funkcję pierwszego dyrektora kolei Niżegorodzkiej (Moskwa – Niżny Nowogród), która pod jego kierownictwem przeszła szybki i spektakularny rozwój. W 1865 odbył podróż po Belgii, Niemczech, Francji oraz Anglii, wizytując tamtejsze linie kolejowe i konsultując się z miejscowymi specjalistami. W 1867 została mu powierzona inspekcja Kolei Mikołajewskiej, mająca na celu przedstawienie rządowi fachowej opinii w sprawie potrzeby dodatkowych nakładów finansowych na jej rozwój. W 1868 został przeniesiony na stanowisko jej dyrektora, obejmując tym samym najbardziej prestiżowe stanowisko kolejowe w Rosji i nadzorując kluczowy ze względów politycznych i gospodarczych najszybszy środek transportu pomiędzy dwoma stolicami Imperium. Za czasów jego kierownictwa dochody tej Linii wzrosły z początkowych 17 milionów rubli do 26 milionów, do czego walnie przyczyniło się zainspirowane przez Keniga bezpośrednie połączenie dworca w Petersburgu z miejscowym portem morskim. Z jego inicjatywy zastąpiono dotychczasowe drewniane wiadukty żelaznymi jak również dokonano wielu innych przebudów i inwestycji (takich jak wprowadzenie specjalnych wagonów towarowych dla przewozu mięsa), opiewających na łączną sumę 25 milionów rubli.