Przy instalacji Windows 2000 lub późniejszego Windows na komputerze, na którym istnieją już woluminy NTFS, wszystkie woluminy zostają przenumerowane do wersji używanej przez właśnie instalowaną wersję Windows lub pozostawione w niezmienionej postaci, jeśli napotkane przez instalator woluminy są późniejszej wersji (dotyczy sytuacji, w której Windows 2000 jest instalowany na komputerze, na którym jest już lub była instalacja Windows XP lub późniejszego i pozostały po niej woluminy NTFS).
W przypadku podniesienia wersji do 3.0 lub 3.1 z wersji wcześniejszych niż 3,0 nie następuje utrata danych, jednakże system Windows NT 4.0 lub wcześniejszy, jeśli nadal jest zainstalowany na komputerze, a podniesienie wersji NTFS wiąże się z dodaniem nowego systemu zamiast tzw. upgrade’u, nie będzie mógł odczytać danych z woluminów NTFS i tym samym nie będzie go można uruchomić. Ratunkiem jest zainstalowanie dodatku dla Windows NT 4.0 przed dodaniem Windows 2000 lub nowszego systemu do listy systemów na danym komputerze bądź rezygnacja z Windows NT 4 przez usunięcie systemu lub przejście do Windows 2000 lub nowszego wykonanie tzw.