upgrade’u.
Pomimo numerycznej różnicy wersji 3.0 i 3.1, NTFS w obu wersjach jest zgodny w przód i wstecz w kluczowych rzeczach i system Windows 2000 – pomimo wbudowanej obsługi NTFS 3.0, nie 3.1 – nie ma kłopotów z odczytem i zapisem woluminów NTFS 3.1 utworzonych lub podniesionych przez Windows XP i Windows Server 2003. Dla przykładu, systemowe narzędzie CHKDSK może bezawaryjnie sprawdzić i w razie potrzeby usunąć błędy z woluminów NTFS wersji 3.1. Jedną z nielicznych funkcji, których zgodność pomiędzy NTFS 3.0 i 3.1 jest zachwiana, jest EFS. Jest to podyktowane zmianą techniki szyfrowania plików przez EFS pomiędzy Windows 2000 i Windows XP. Na skutek tego, w komputerze, w którym zainstalowane są zarówno Windows 2000, jak i Windows XP, a użytkownik przy uruchomieniu komputera wybiera system operacyjny za pomocą menu startowego Windows bądź innego programu typu boot manager, stacja robocza 2000 Professional nie może odczytać plików zaszyfrowanych przez XP Professional, nawet jeśli użytkownik zaimportował uprzednio odpowiedni klucz EFS ze swojego konta w XP do swojego konta w 2000. Jest to jeden z powodów, dla których niewskazane jest szyfrowanie plików przy pomocy EFS na komputerach domowych.