Od 1999 do 2011 roku mieszkał przy parafii św. Floriana w Krakowie. Od 14 lipca 2011 mieszka we wspólnocie Księży Marianów na osiedlu Stegny w Warszawie.
W listopadzie 2011 otrzymał od prowincjała ks. Naumowicza nakaz ograniczenia wystąpień publicznych do „Tygodnika Powszechnego”. Decyzja zapadła niedługo po skierowaniu do niego listu przez biskupa włocławskiego Wiesława Meringa, który zarzucił mu popieranie Adama „Nergala” Darskiego i wypowiedzi „szerzące zamęt w umysłach wiernych”. Zakaz spotkał się zarówno z protestami, jak i głosami poparcia różnych środowisk katolickich. Ks. Boniecki zaprzestał wypowiedzi dla mediów, pozostał natomiast aktywny publicznie, m.in. uczestniczył w spotkaniach autorskich i różnego rodzaju konferencjach. 29 lipca 2017 roku decyzją prowincjała zakonu marianów, ks. Tomasza Nowaczka, nałożony na niego zakaz wypowiedzi w mediach został cofnięty. 17 listopada 2017 prowincjał zakonu marianów znowu zakazał duchownemu publicznych wypowiedzi, ograniczając je tylko do „Tygodnika Powszechnego”. W komunikacie wydanym przez kurię księży marianów napisano, że jego niektóre wypowiedzi są całkowicie sprzeczne z nauczaniem moralnym Kościoła.