19 lutego 2018 r. Senat Uniwersytetu Łódzkiego zdecydował o przyznaniu księdzu Adamowi Bonieckiemu tytułu doktora honoris causa. Uroczystość wręczenia doktoratu honoris causa UŁ księdzu Adamowi Bonieckiemu odbyła się 12 kwietnia 2018 r. w budynku Wydziału Filologicznego UŁ. Promotorem doktoratu była prof. zw. dr hab. Barbara Bogołębska. Recenzentami byli prof. Maria Libiszowska-Żółtkowska z Uniwersytetu Warszawskiego, prof. Grażyna Habrajska z Uniwersytetu Łódzkiego oraz ks. prof. Andrzej Perzyński z Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Jest członkiem Komitetu Wspierania Muzeum Historii Żydów Polskich Polin w Warszawie.
19 marca 2022 został wybrany członkiem honorowym Polskiej Akademii UmiejętnościPAUza Akademicka, Tygodnik Polskiej Akademii Umiejętności Nr 599, 28 kwietnia 2022.. W tym samym roku i tym samym miesiącu doznał udaru mózgu. Z tego powodu od kwietnia do października nie ukazywały się jego cotygodniowe artykuły wstępne w „Tygodniku Powszechnym”. Pod koniec października 2022 zaczął ponownie publikować w tym czasopiśmie.