Przeciwko taylorowskiej organizacji pracy protestowały też organizacje robotnicze, wskazując, że prowadzi ona do nadużyć wobec robotników i nadmiernego obciążenia ich pracą. W tej sprawie odbyło się śledztwo w Kongresie, które nie wykazało takich nadużyć i nie wskazało potrzeby regulacji warunków pracy.
W 1960 r. Douglas McGregor scharakteryzował dwa sposoby podejścia do pracownika w teoriach zarządzania, które określił jako teoria X i teoria Y. Jako teorię X opisał podejście naukowego zarządzania, charakteryzującego pracownika w terminach negatywnych – jako osobę unikającą pracy, wymagającą ścisłego nadzoru. Przeciwstawiał tej koncepcji nowe, bardziej pozytywne ujęcia sytuacji pracy i relacji pracowniczych.
Dalszy rozwój Po drugiej dekadzie XX w. popularność naukowego zarządzania słabła. Nadal był to jednak nurt znaczący, a jego obecność jest nadal widoczna w zarządzaniu i teorii organizacji (choćby w edukacji menadżerów). Elementy naukowego zarządzania (w szczególności: ograniczanie i sprecyzowanie kompetencji wymaganych od robotników, minimalizacja kosztów i czasu szkolenia, ścisły nadzór nad pracownikami) były powszechnie stosowane w amerykańskim przemyśle powojennym. Zasady naukowego zarządzania były przedmiotem zainteresowania nauk o zarządzaniu, psychologów, socjologów i antropologów organizacji.