W 1941 ukończył pierwszy kurs okupacyjny, Bojowych Szkół, kurs podoficerski, otrzymując stopień starszego strzelca. Ze struktur starszoharcerskich powstał oddział „Fabryka”, z którego powstał batalion „Baszta”. Komornicki nie przeszedł do tych oddziałów z uwagi na młody wiek. W pozostałych na Żoliborzu strukturach Szarych Szeregów, przewagę uzyskali harcerze z „Hufców Polskich”, co spowodowało przyłączenie ich do Narodowej Organizacji Wojskowej. Komornicki jak sam twierdził nie należał do struktur Stronnictwa Narodowego. Jako żołnierz NOW ukończył szkołę podchorążych w stopniu kaprala podchorążego, pod pseudonimem Nałęcz.
Był żołnierzem 2 plutonu kompanii „Aniela” batalionu „Antoni” NOW. Pluton miał się zgromadzić 1 sierpnia 1944 przy Kanonii. Pomimo zgłoszenia się na zbiórkę, część plutonu została rozproszona, zaś Komornicki wraz kpr. pchor. Mieczysławem Teisseyre ps. „Teść” przyłączyli się do 2 plutonu 104 kompanii syndykalistów.