Na początku grudnia tego roku w porozumieniu z Niemcami i za zgodą KG ZWZ zorganizował przerzut na teren ZSRR 4 oficerów – Muszkieterów: rtm. Czesława Szadkowskiego, swojego bliskiego współpracownika, ppor. Czesława Wasilewskiego ps. „Wilk”, por. Kazimierza Rutkowskiego ps. „Mątwa” i pchor. Antoniego Pohoskiego ps. „Korejwo”. W II połowie 1941 r. zrezygnował z prowadzenia niezależnej działalności kontrwywiadowczej, przekazując właściwe struktury do ZWZ. Ostatecznie 6 grudnia dokonano scalenia całej organizacji Muszkieterów z ZWZ. Na początku 1942 r. S. Witkowski został z rozkazu komendanta głównego AK gen. Stefana Roweckiego ps. „Grot” pozbawiony dowództwa Muszkieterów. Prawdopodobnie nastąpiło to ze względu na jego brak zgody na ujawnienie agentów głębokiego wywiadu.