Ostatecznie pod koniec sierpnia tego roku KG AK oskarżyła go o niesubordynację i współpracę z Abwehrą i Gestapo. Wojskowy Sąd Specjalny AK wydał na niego wyrok śmierci podpisany przez płk. Tadeusza Komorowskiego, płk. Kazimierza Plutę-Czachowskiego i płk. Jana Rzepeckiego, a następnie zatwierdzony przez gen. Stefana Roweckiego. Został on wykonany 18 września w domu przy ul. Wareckiej 9 przez grupę egzekucyjną AK przebraną w mundury niemieckiej żandarmerii. Do jego ubrania przypięto kartkę z napisem: „Największy polski bandyta”. 2 czerwca 1943 r. komendant główny AK gen. S. Rowecki „Grot” w meldunku do Londynu wyjaśnił powody zabicia S. Witkowskiego: „Wobec systematycznych prób wyłamywania się, prowadzenia dwuznacznej gry z kontrwywiadem niemieckim, gestapo i wywiadem angielskim... usunąłem Tenczyńskiego ze stanowiska komendanta Muszkieterów, przenosząc go do rezerwy. Rozkazu tego Tenczyński nie wykonał... Zarządziłem rozwiązanie organizacji Muszkieterów... Tenczyńskiego oddałem pod sąd, który skazał go na śmierć. Wyrok zatwierdziłem. W międzyczasie został on zabity na rozkaz niemieckiego szefa kryminalnej policji, z którym Tenczyński miał powiązania na tle afer bandycko-łapówkowych...”.