Benedykt przebywał w nim aż do swojej śmierci. Na Monte Cassino umarła również siostra bliźniaczka św. Benedykta, św. Scholastyka, założycielka zakonu benedyktynek w Piumarola. Szczątki tych dwojga świętych są najcenniejszymi relikwiami opactwa.
Strategiczne położenie budowli przy ważnym trakcie łączącym Rzym z Neapolem, sprawiało, że klasztor wielokrotnie stawał się celem ataku. W 584 r. wzgórze zdobyli Longobardowie, którzy zburzyli klasztor i wypędzili benedyktynów. Mnisi znaleźli schronienie w kościele św. Andrzeja w Rzymie na Lateranie. Benedyktyni powrócili do Monte Cassino w 718 r. Wielki rozkwit opactwa nastąpił za opata św. Bertariusza, w pierwszej połowie IX w. Ale już w 883 r. klasztor zdobyli Saraceni, niszcząc doszczętnie klasztor (w czasie tego najazdu spłonął rękopis reguły benedyktynów napisany przez św. Benedykta). Mnisi przez niemal wiek mieszkali w nowym klasztorze w Kapui. Odbudowę klasztoru w Monte Cassino rozpoczął opat Aligernus (949 r.). Na kolejne lata przypada okres świetności klasztoru. Jego opat Dezyderiusz został papieżem, przybierając imię Wiktor III. Nowy papież przez rok rezydował na Monte Cassino. Te wydarzenia były przyczyną wzrostu bogactwa klasztoru w dzieła sztuki i księgi księgozbioru. Kościół został konsekrowany przez papieża Aleksandra II w 1071 r. W 1321 r.