papież Jan XXII podniósł kościół do rangi katedry i zakończył niezależność zakonu od władzy papieża.
W 1349 r. opactwo nawiedziło trzęsienie ziemi, niszcząc część zabudowań. Po kilkunastu latach klasztor podniesiono z ruin. Od XVI do XVIII wieku trwa kolejny okres rozkwitu klasztoru. Z tego czasu pochodziła zabudowa klasztorna, którą zniszczono w 1944 r. Biblioteka klasztorna liczyła ponad sto tysięcy tomów i dziesiątki tysięcy pergaminów, inkunabułów i rękopisów. Opactwo posiada rękopisy Galena, Hipokratesa, Cycerona, Pliniusza, Apulejusza.
W 1799 r. wzgórze zdobyły wojska Napoleona. Od 1866 r. klasztor jest pomnikiem narodowym.
W czasie II wojny światowej wzgórze Monte Cassino było świetnym miejscem na bazę w tworzonej przez Niemców Linii Gustawa, ale marszałek polny Albert Kesselring (bawarski katolik), nie zezwolił na ufortyfikowanie tego miejsca, ponieważ byłoby to równoznaczne z wystawieniem na zniszczenie klasztoru, o czym poinformował Watykan i dowództwo aliantów. Dziś znany jest fakt, że alianci, przede wszystkim Amerykanie, wiedzieli, że w klasztorze nie stacjonowało niemieckie wojsko, jednak zdecydowali się na bombardowanie obawiając się, że w trakcie bitwy może się to zmienić. Na zbombardowanie klasztoru nalegał gen. Bernard Freyberg, dowódca Korpusu Nowozelandzkiego, którego dywizja miała szturmować górę.