Nie w pełni są potwierdzone losy płk. Kreutzingera we wrześniu 1939 r. (nie jest prawdą jakoby został rozstrzelany w zbiorowej egzekucji przez Niemców w Poniecu), prawdopodobnie bojąc się terroru ze strony Niemców (był przed 1918 r. oficerem niemieckim), w pierwszych dniach września 1939 r. razem z rodziną Klemczaków ewakuował się z żoną w kierunku Warszawy. Niedaleko Warszawy przyłączył się do transportu rządowego. Najprawdopodobniej kolumna, w której znajdowało się małżeństwo Kreutzingerów, została zbombardowana i oboje zginęli. O losach płk. Kreutzingera i jego żony nie wie nic także ich syn Eryk. Po wojnie byli poszukiwani przez Czerwony Krzyż, ale bezskutecznie.
Praca w WIG Mianowanie płk J. Kreutzingera szefem WIG zapoczątkowało nowy rozdział w historii polskiej kartografii wojskowej. Dotychczas wszystkie prace w WIG były prowadzone bez ogólnego planu, wydawane mapy były tylko prostymi przeróbkami map zaborczych. Wciąż brakowało koncepcji, jakie mają być opracowywane mapy i jaka ma być struktura Instytutu.