Wbudowane baterie Jednostki 02 wyczerpują się po trzy i pół minutowej walce z Evangelionami Seryjnej Produkcji i EVA-02 zostaje kompletnie zniszczona.
Gendo Ikari tajemnie próbuje wywołać Projekt Dopełnienia Ludzkości w inny sposób niż chce tego SEELE, taki, który umożliwiłby mu ponowne spotkanie z jego zmarłą żoną. Rei, która jest niezbędna do przeprowadzenia tego planu w decydującym momencie odrzuca jednak żądania Gendo i sama łączy się z Lilith, przeobrażając się w olbrzymią świecącą postać; Rei/Lilith ostatecznie oddaje proces Dopełnienia w ręce Shinji'ego. Aby zmusić ludzi do samowolnego zniszczenia swoich Pól AT, Lilith przybiera różne, związane z emocjami danej osoby formy lub niszczy Pola AT „na siłę”. Po zneutralizowaniu Pola AT człowiek obraca się w płyn LCL.