Rozpoczyna się Dopełnienie, prawdopodobnie zgodnie z decyzją Shinji'ego z Evangeliona Jednostki 01. Jajo Lilith (nazywane Czarnym Księżycem) unosi się z GeoFrontu do rąk Lilith, która przyjęła kształt Rei i której rozmiary znacznie powiększyły się. Dusze wszystkich ludzi, reprezentowane przez czerwone punkty dążą do Jaja Lilith. Jednak w ostatnim momencie, Shinji odrzuca Dopełnienie i decyduje się na życie jako indywidualność, niwecząc cały postęp jaki Lilith przeprowadziła w Dopełnieniu. Fizyczna forma Lilith rozpada się i umiera, a Jajo eksploduje. Shinji powraca na ziemię w swojej fizycznej formie, a Jednostka 01 i Włócznia Longinusa odlatują w przestrzeń. Evangeliony Masowej Produkcji spadają na Ziemię w pozycjach przypominających krzyże. W ostatniej scenie filmu Shinji i Asuka ukazani są w opustoszałych ruinach Tokio-3. Stan reszty świata nie zostaje wyjaśniony.
Powiązane Red Cross Book (RCB) to nieoficjalna nazwa japońskiej broszury, która była sprzedawana w kinie ludziom, którzy przyszli na film End of Evangelion. Książeczka kosztowała 800 jenów. RCB ma format A4 i orientację poziomą.