Perony dworca położone są poprzecznie do niego, w kierunku wschód-zachód i dodatkowo połączone tunelem poprzecznym pod torami.
W latach 2002–2006 hale peronowe zostały wyremontowane bez zamykania ruchu kolejowego. Było to możliwe dzięki stworzonej w tym celu technologii budowlanej, posługującej się platformą montażowo-transportową, ustawioną 10 m nad torami i przesuwaną w miarę postępu prac. Nad częścią platformy zainstalowano dźwigi. Słupy platformy o nośności do 150 t posiadały własne fundamenty, częściowo na poziomie piwnicznym dworca. Co dwa tygodnie platformę przesuwano o jedno pole hali, tzn. 9,3 m. Nity zostały w czasie remontu zastąpione specjalnymi śrubami. Dzięki remontowi dachu dworzec uzyskał znacznie lepsze oświetlenie światłem dziennym. Niosące dach wiązary uzyskały zgodne ze stanem pierwotnym jasnoszare malowanie i stały się dzięki temu jaśniejsze. Ozdobne rozety w pachwinach łuków są ciemnobłękitne i dzięki temu lepiej widoczne.