Uczelnia posiada uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora i stopnia naukowego doktora habilitowanego w dziewięciu dziedzinach/dyscyplinach:
nauki humanistyczne/filozofia nauki humanistyczne/historia nauki teologiczne/nauki biblijne nauki o rodzinie/nauki o rodzinie nauki humanistyczne/nauki o sztuce nauki społeczne/nauki o komunikacji społecznej i mediach nauki teologiczne/nauki teologiczne nauki społeczne/prawo kanoniczne nauki społeczne/nauki socjologiczne.
W 2018 Wydział Filozoficzny i Wydział Teologiczny otrzymały kategorię naukową A, pozostałe wydziały otrzymały kategorię B. W wyniku ewaluacji za lata 2017–2021 Uniwersytet otrzymał kategorie naukowe dla poszczególnych dyscyplin: nauki teologiczne A, filozofia A, historia B+, nauki o komunikacji społecznej i mediach B+, nauki o sztuce B+, nauki socjologiczne B+.
Biblioteka Główna UPJPII posiada w swoich zbiorach ok. 580 tys. egzemplarzy wydawnictw zwartych, czasopism, starych druków i zbiorów specjalnych.