W 2014 erygowano Wydział Prawa Kanonicznego.
W piątek, 12 kwietnia 2019 w Domu Arcybiskupów Krakowskich przy ul. Franciszkańskiej 3 miało miejsce podpisanie listu intencyjnego w sprawie ustanowienia siedziby Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie na terenie Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się”, które zostanie rozbudowane. Dokument podpisali: metropolita krakowski, a zarazem Wielki Kanclerz UPJPII, abp Marek Jędraszewski, rektor Uniwersytetu Papieskiego, ks. prof. dr hab. Wojciech Zyzak oraz prezes Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się”, ks. mgr Mateusz Hosaja. Natomiast 25 czerwca Uniwersytet i Gmina Wadowice zawarły umowę o partnerskiej współpracy w zakresie dydaktyczno - naukowym, między innymi poprzez organizację prowadzonych przez pracowników UPJPII otwartych wykładów, związanych z postacią Świętego Jana Pawła II, wypracowania koncepcji stworzenia filii uczelni na terenie miasta Wadowice, wymiany informacji, spostrzeżeń i doświadczeń oraz wzajemnego promowania stron.
8 czerwca 2022 ks.