Ostatecznie Wydział Teologiczny Sekcja w Tarnowie został erygowany 14 maja 2004.
W 2008 powołano Wydział Nauk Społecznych, którego kadrę naukową utworzyli przede wszystkim byli pracownicy Wydziału Teologicznego. Również w 2008 przekształcono Wydział Historii Kościoła w Wydział Historii i Dziedzictwa Kulturowego. W tym samym roku zreformowano strukturę tego wydziału, powołując Instytut Historii, Historii Sztuki i Kultury oraz Międzyuczelniany Instytut Muzyki Kościelnej. W 2009 na Wydziale Nauk Społecznych utworzono Instytut Nauk o Rodzinie oraz Instytut Dziennikarstwa i Komunikacji Społecznej.
Dekretem Kongregacji ds. Edukacji Katolickiej z 19 czerwca 2009 Papieska Akademia Teologiczna została przekształcona w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie. W styczniu 2011 otwarto dla czytelników nowy gmach biblioteki uniwersyteckiej, wybudowany w latach 2000–2010 (prace nie przebiegały z jednakową intensywnością). Wolny dostęp do zbiorów stał się możliwy w październiku 2011Władysław Szczęch: Biblioteka Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie. „Forum Bibliotek Medycznych” 2011, nr 2(8), s. 102, 115.. W 2013 Komitet Ewaluacji Jednostek Naukowych przyznał Wydziałowi Filozoficznemu i Wydziałowi Teologicznemu Sekcja w Tarnowie kategorię A. Pozostałe wydziały uczelni otrzymały kategorię B.