W latach następnych coraz częściej przebywa w otoczeniu króla, biorąc udział w wyprawach na Mołdawię w 1509 i zabezpieczaniu granic przed Tatarami w 1510. W 1511 po ustanowieniu województwa witebskiego zostaje jego wojewodą. Brał udział w kampanii moskiewskiej 1514, a pod koniec tego roku otrzymał województwo podlaskie.
Umarł między 9 lutego a 4 grudnia 1517 w swoim dworze w Mordach. Pochowany został albo w Mordach albo w Boćkach, skąd jego ciało zostało przeniesione do Kodnia. 10 listopada 2011 roku, Gimnazjum w Kodniu, w Zespole Placówek Oświatowych w Kodniu, w jubileuszowym roku 500-lecia założenia miasta Kodnia, otrzymało sztandar oraz imię Jana Sapiehy.
Posiadłości Dużą część życia poświęcił rozwijaniu majętności, budując ją wszystkimi możliwymi środkami, m.in. przez nadania królewskie i hospodarskie, dziedziczenie, wymianę i kupno. Ostatnim co do powstania, ale największym majątkiem były dobra kodeńskie, częściowo zakupione, częściowo otrzymane od króla w 1511. Po uzyskaniu przywileju wybudowania w Kodniu miasta, dobra te stają się siedzibą całej nowej linii rodu Sapiehów.