Turniej Nordycki – 1. miejsce W pierwszych konkursach Turnieju Skandynawskiego, rozegranych 3 i 4 marca 2008 w Kuopio zajął drugą i czwartą pozycję. Trzy dni później na skoczni w Lillehammer odniósł kolejne zwycięstwo w Pucharze Świata, ustanawiając przed konkursem nowy rekord obiektu (143 metry). W ostatnich zawodach turnieju na skoczni w Oslo, odniósł kolejne zwycięstwo. Wygrana ta pozwoliła Schlierenzauerowi wyprzedzić w klasyfikacji Turnieju Nordyckiego liderującego przed ostatnimi zawodami Janne Happonena.
2008/2009 Mistrzostwa świata – 2. i 4. miejsce Podczas mistrzostw świata w Libercu startował jako aktualny lider Pucharu Świata. W pierwszym konkursie, na normalnej skoczni, Austriak został wicemistrzem świata, przegrywając tylko z Wolfgangiem Loitzlem. W drugim konkursie, na dużej skoczni, zajmował 4. miejsce po pierwszej serii zawodów. Druga seria została odwołana z powodu niekorzystnych warunków atmosferycznych, w wyniku czego rezultat ten był ostatecznym miejscem Schlierenzauera w konkursie. Austriak stanął tuż za podium, przegrywając z Andreasem Küttelem, Martinem Schmittem i Andersem Jacobsenem.
W konkursie drużynowym wraz z Wolfgangiem Loitzlem, Martinem Kochem i Thomasem Morgensternem zdobył złoty medal.