Niemcy przekształcili słowiańską nazwę w zniemczone Ohra bądź gwarowe gdańskie die Aur.
Według niemieckojęzycznych legend nazwa Oruni pochodzić ma od nazwiska gdańskiego komtura Albrechta von Ore, który poległ w bitwie pod Płowcami w 1331.
W ostatnich czasach osiedlu nadaje się nieprawidłową nazwę Orunia Dolna. Wzięła się ona z potrzeby rozróżnienia Oruni od Oruni Górnej – nazwy osiedla wybudowanego w latach 90. XX wieku na wzgórzach pomiędzy Ujeściskiem a Orunią. Nazwa Orunia Górna nie ma żadnego odniesienia do historii.
Średniowiecze Od wczesnego średniowiecza przebiegał przez Orunię znany trakt kupiecki zwany Via mercatorum. Wieś dzięki usytuowaniu i urodzajnym glebom rozwijała się.
Znajdująca się we władaniu zakonu krzyżackiego Orunia otrzymała prawo chełmińskie 2 czerwca 1338 z rąk ówczesnego komtura gdańskiego Winricha von Kniprode, który osadził tu rzemieślników. W XIV wieku wieś liczyła 50 łanów chełmińskich (840 hektarów), istniały tu karczma i młyn. W XV wieku Krzyżacy przekopali Kanał Raduni. W 1412 komtur zezwolił na spław drewna i uruchomienie nad kanałem dwóch tartakówJako data powstania pierwszych śluz i tartaków podawany jest też rok 1402.. Orunia zaczęła się dynamicznie rozwijać. W latach 1431–1433 wieś była pustoszona (w 1433 pożar) przez husytów, walczących po polskiej stronie.