Została szybko odbudowana. W 1454 Orunia powróciła we władanie polskie. Wieś dwukrotnie uległa zniszczeniu podczas wojny trzynastoletniej, m.in. w czasie pożaru w 1461 roku. W 1506 Orunię nawiedziła powódź.
thumb|Płyta nagrobna pastora z Oruni, zmarłego w 1792
Nowożytność Wieś należąca do Gdańskiej Wyżyny terytorium miasta Gdańska położona była w drugiej połowie XVI wieku w województwie pomorskimMapy województwa pomorskiego w drugiej połowie XVI w.: rozmieszczenie własności ziemskiej, sieć parafialna / Marian Biskup, Andrzej Tomczak. Toruń 1955, s. 128..
W 1519, wobec zagrożenia krzyżackiego, Orunia została spalona przez załogę Gdańska. Podobny los spotkał wieś w 1577 podczas wojny Rzeczypospolitej z Gdańskiem. Dalej historia była już łaskawsza. Wieś ta stała się popularnym miejscem odpoczynku gdańskich patrycjuszy.
Około 1550 został założony cmentarz ewangelicki pw. Świętego Jerzego (cmentarz został zlikwidowany w 1956).
W 1656, podczas potopu szwedzkiego, Orunia została ograbiona przez Szwedów.
Na miejscu obecnego dworku parkowego gościł August II Mocny.
W XVII wieku rzemieślnicy holenderscy zaczęli tworzyć wzdłuż Kanału Raduni garbarnie, farbiarnie i warsztaty tkackie.