Studiował nauki przyrodnicze i w 1605 roku uzyskał tytuł magistra z oceną celującą. Jak wynika z jego autobiografii, Andreae napisał wówczas, wydaną drukiem dopiero jedenaście lat później, powieść „Alchemiczne Zaślubiny Christiana Rosenkreutza roku 1459”. Andreae studiował też teologię i matematykę. Odmówiono mu jednak przystąpienia do końcowych egzaminów. Prawdopodobnie była to kara za paszkwil na temat ślubu rektora uniwersytetu Mathhiasa Enslina.
Tułaczka po Europie thumb|left|150px|Johann Valentin Andreae w 1639 Po tym wydarzeniu Johann Valentin zajął się udzielaniem korepetycji młodym szlachcicom i razem z nimi podróżował przez Szwajcarię, Francję, Austrię i Włochy. Powrócił do Tybingi w 1608 roku. Zawarł znajomości z uczonymi, m.in. Tobiasem Hessem i Abrahamem Holzelem. Ich wspólne intelektualne dyskusje i działania wzbudziły niepokój konserwatywnych luterańskich formalistów. Nowy rektor uniwersytetu postawił Andreae zarzut „niewłaściwych poglądów”. Za karę Johann Valentin został wykluczony z grona luterańskiego kleru. Poważniejszych sankcji uniknął jedynie dzięki wstawiennictwu księcia Fryderyka Wirtemberskiego. Po opuszczeniu Tybingi Andreae przyjął posadę domowego nauczyciela w Bawarii. Po pewnym czasie wyjechał do Szwajcarii, gdzie zainspirowały go klarowne reguły Kościoła Kalwinistów w Genewie.