W następnych latach odbył liczne podróże, m.in. do Francji i Włoch, w czasie których utwierdził się w przekonaniu o zepsuciu kurii. Postanowił bez reszty poświęcić się Kościołowi ewangelickiemu.
W 1612 roku powrócił do Tybingi, aby kontynuować studia teologiczne. Wśród teologów odnalazł nowych przyjaciół. Niektórzy, jak stary teolog Hafenreffer, próbowali ponownie sprowadzić go na łono Kościoła luterańskiego. Ze szczerej chęci lub też bez niej, Andreae nie stawiał oporu. Po końcowych egzaminach w 1614 roku został diakonem w Vaihingen. Tam też ożenił się 2 sierpnia z Agnes Elisabeth Grüninger.
Fama i Confessio thumb|100px|Okładka manifestu Confessio Fraternitatis W roku 1614 w Kassel ujrzała też światło dzienne tajemnicza, anonimowa broszura, której autorstwo przypisuje się Johannowi Valentinowi Andreae. Był to pierwszy z trzech manifestów rzekomo istniejącego, a tak naprawdę dopiero postulowanego tajnego bractwa Różo-Krzyża, zrzeszającego uczonych-hermetystów. Pełny tytuł broszury brzmiał: Uniwersalna i powszechna reforma całego świata Fama Fraternitatis („Sława Bractwa”) Honorowego bractwa Różo-Krzyża skierowana do wszystkich ludzi nauki i władców Europy oraz krótka odpowiedź przesłana przez pana Haselmeyera, który z tej przyczyny został aresztowany przez jezuitów, wtrącony do więzienia i zakuty w łańcuchy na galerze.