1 stycznia 1801 roku włoski astronom Giuseppe Piazzi, zanim dotarło do niego zaproszenie, odkrył pierwszą planetoidę, nazwaną później Ceres. Astronomowie należący do grupy odkryli w kolejnych latach planetoidy Pallas, Juno i Westę.
W 1810 roku w trakcie okupacji Niemiec przez wojska napoleońskie Schröter stracił swoje stanowisko urzędnicze, jego stan zdrowia również uległ pogorszeniu. Jeszcze wcześniej wskutek zawieruchy wojennej przestały napływać pieniądze z Anglii od króla. W kwietniu 1813 roku Lilienthal zostało spalone przez Francuzów. Obserwatorium przetrwało, ale zostało splądrowane, jeden z teleskopów wywieziono do Bremy, zniszczeniu uległo biuro i znaczna część notatek i nieopublikowanych manuskryptów. Te wydarzenia były dla starego astronoma dużym szokiem. W listopadzie 1813 roku przywrócono mu stanowisko magistra. Ponieważ jego stan zdrowia nadal się pogarszał, polecił wysłać wszystkie instrumenty obserwatorium zakupione przed 1799 rokiem do Getyngi. Zmarł 29 sierpnia 1816 roku. Budynki obserwatorium zostały zniszczone w 1850 roku po śmierci syna Schrötera, który nie przejawiał zainteresowania astronomią.
Wyróżnienia i upamiętnienie W 1798 roku został członkiem Royal Society.