Ze względu na jej ówczesny wiek (95 lat) procedurami związanymi z drugim pochówkiem zajęła się Irena Makowska, łączniczka podczas powstania warszawskiego, wybrana przez Zawacką na jej pełnomocniczkę.
Ordery i odznaczenia Była odznaczona Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari (Rozkazem Dowódcy AK Tadeusza Bór-Komorowskiego z 23 września 1944), Krzyżem Walecznych (1943), Złotym Krzyżem Zasługi z Mieczami (3 października 1944), pośmiertnie Medalem Wojska (czterokrotnie) i Krzyżem Armii Krajowej.
Upamiętnienia W 2006 roku w kaplicy Matki Boskiej Świętokrzyskiej w Kałkowie-Godowie odsłonięto tablicę poświęconą Emilii Malessie. Tablicę ufundowała Irena Makowska. We wrześniu 2009 roku w Wąchocku została odsłonięta tablica poświęcona Emilii Malessie. Jej fundatorem był Mieczysław Sokołowski. Pierwotnie została odsłonięta w krużganku klasztoru cystersów, w czerwcu 2010 roku postawiono ją w Panteonie Polskiego Państwa Podziemnego w Wąchocku.
W kulturze 19 marca 2007 roku miała miejsce premiera spektaklu telewizyjnego pt. „Słowo honoru” reż. Krzysztofa Zaleskiego, opowiadający o powojennych losach Emilii Malessy. W rolę Malessy wcieliła się Maria Pakulnis.