W spektaklu telewizyjnym Słowo honoru Malessę przedstawiono jako osobę, która zbyt łatwo uwierzyła Różańskiemu.
W październiku 2010 roku radny Prawa i Sprawiedliwości Wojciech Starzyński zaproponował nadanie imieniem Emilii Malessy ronda na skrzyżowaniu ulic Potockiej i Gwiaździstej na Żoliborzu. Pomysł skrytykował dziennikarz Gazety Wyborczej Jarosław Osowski podkreślając, że Malessa współpracowała z MBP i jest odpowiedzialna za aresztowanie żołnierzy WiN. Na prośbę Zespołu Nazewnictwa Miejskiego Światowy Związek Żołnierzy Armii Krajowej wydał opinię, według której nie było żadnych przesłanek do „podważania szlachetności i bezinteresowności Emilii Malessy”. Propozycję nadania rondu im. Emilii Malessy odrzucili radni Żoliborza na drodze głosowania.
Ponowny pogrzeb 19 września 2005, staraniem podkomendnych Emilii Malessy, odprawiono w katedrze polowej Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego uroczystą mszę świętą. Urnę z jej szczątkami przeniesiono do Panteonu Żołnierzy Polski Walczącej na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie. Inicjatorką pochowania Malessy na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach była Elżbieta Zawacka.