Zmodernizowano jednostki napędowe (podwyższono moce silników i zminimalizowano spalanie): 1.3 75 KM (B3), 1.6 o mocy 98 koni (ZM) zastąpił 1.5 o mocy 88 KM, 2.0 o mocy 131 koni (FS) zastąpił 1.8 o mocy 115 KM oraz silnik Diesla 2.0 DITD o mocy 101 KM (RF4F).
W 2001 na targach motoryzacyjnych we Frankfurcie zaprezentowano topową wersję 323 MPS z sinikiem 2-litrowym o mocy ponad 150 KM.
Pod koniec 2002 323 przeszła kolejny mały zabieg stylistyczny polegający na zmianie kształtu tylnych i przednich lamp, dodano do palety barw nowe kolory, zmieniły się materiały tapicerskie we wnętrzu.
W 2003 zakończono produkcję modelu 323, wprowadzając w jego miejsce Mazdę 3 zwaną na innych rynkach Axela. mały|lewo|Mazda 323F tył, 2002–2003 mały|centruj|Mazdaspeed Protegé sedan (Kanada)
Wersje silnikowe Silniki benzynowe: + Silniki o Zapłonie Iskrowym Model Cylindry Zawory Pojemność Moc Lata Oznaczenie 1.3 4 16 1324 cm³ 54 kW (74 KM) 1998–2001 B3 1.5 4 16 1489 cm³ 66 kW (88 KM) 1998–2001 ZL 1.6 4 16 1593 cm³ 72 kW (98 KM) 2001–2003 ZM 1.8 4 16 1840 cm³ 84 kW (115 KM) 1998–2001 FP 2.0 4 16 1991 cm³ 96 kW (131 KM) 2001–2003 FS