Hillela zastąpił John Frusciante, z którym Red Hot Chili Peppers nagrali Mother’s Milk (1989), a następnie Blood Sugar Sex Magik (1991) z przebojem „Under the Bridge”. Po nagraniu jednej wspólnej płyty („One hit minute” 1995), Kiedis, znowu uzależniony, pokłócił się z następcą Frusciante, Dave’em Navarro, którego w końcu wyrzucił z zespołu i wraz z Fleą przekonał Frusciante (uzależnienie doprowadziło gitarzystę do skrajnej biedy, śmierci klinicznej, przeszczepu skóry i zębów) do powrotu. Wspólnie wydali Californication (1999) i zagrali na Woodstocku. Kolejne płyty w dyskografii zespołu to By the Way (2002), Stadium Arcadium (2006), I’m with You (2011), The Getaway (2016).
Kiedis zagrał także małe role w filmach, w tym Mniej niż zero (1987), Na fali (1991) jako Tone, Simpsonowie (1993), Pościg (1994) jako Will i Song to Song (2017).
6 października 2004 roku została opublikowana autobiografia Blizna (oryg. Scar Tissue), która została dobrze przyjęta w kręgach fanów zespołu Red Hot Chili Peppers. „Scar Tissue” to również tytuł jednej z piosenek autorstwa Kiedisa.