Lieberman znalazł się ze zmaganiach po Kerrym, senatorze Johnie Edwardsie z Karoliny Północnej (nominowanym potem na wiceprezydenta), Deanie i emerytowanym generale Wesleyu Clarku. Gore poparł publicznie Deana.
Kariera od roku 2006 Po przegranej w prawyborach Partii Demokratycznej przeprowadzonych 7 sierpnia 2006 z Nedem Lamontem, Lieberman wygrał wybory jako kandydat niezależny, z ramienia utworzonej na potrzeby wyborów partii Connecticut for Lieberman. Po wyborach był członkiem demokratycznej większości w Senacie.
Republikański kandydat na prezydenta w 2008 roku senator John McCain szukając dla siebie tzw.„running mate”, czyli kandydata na wiceprezydenta, zastanawiał się nad Joe Liebermanem. Spotkało się to jednak z dużą krytyką wśród współpracowników McCaina. Ostatecznie senator McCain zdecydował się nominować ówczesną gubernator Alaski Sarę Palin. Tandem McCain-Palin przegrał wybory z senatorem Barackiem Obamą i Joe Bidenem.