Włochy W Serie A w barwach Lazio Bokšić zadebiutował 7 listopada 1993 roku w wygranym 2:1 w Neapolu meczu z tamtejszym SSC Napoli. Natomiast pierwszą swoją bramkę w Serie A zdobył już w następnej kolejce ligowej, 21 listopada w przegranym na własnym stadionie 1:2 meczu z Torino FC (Alen zdobył gola w 9 minucie na 1:0 dla Lazio). O miejsce w ataku Bokšić musiał konkurować z bardzo dobrymi napastnikami włoskimi, Pierluigim Casiraghim i Giuseppe Signorim. Jednak do końca sezonu 1993/1994 to właśnie Bokšić grał w podstawowym składzie, ale zdobył tylko 4 bramki w całym sezonie. Lazio z nim w składzie zajęło 4. miejsce w lidze. W sezonie 1994/1995 Bokšić grał mniej i częściej przesiadywał na ławce, ale leczył przez pewien czas kontuzję. Signori zdobył 17 goli, a i Casiraghi zdobył więcej bramek od Bokšicia w lidze (12, podczas gdy Alen 9). Jednak drużynie Lazio wyszło to na dobre, z tak bramkostrzelnym atakiem zdobyło wicemistrzostwo Włoch i awansowało do Pucharu UEFA. W sezonie 1995/1996 Bokšić również więcej przebywał na ławce, a i Signori i Casiraghi znowu byli w formie (Signori został nawet królem strzelców ligi z 21 golami). Lazio zajęło 3. miejsce w lidze. Latem 1996 do Lazio ściągnięto współkróla strzelców ligi Igora Prottiego z AS Bari i Bokšić zdecydował się odejść do Juventusu.