Pomimo że z Juventusem został mistrzem Włoch, nie mógł sezonu zaliczyć do udanych strzelił tylko 3 bramki w 22 meczach. Zagrał także w finale Ligi Mistrzów, który Juventus przegrał 1:3 z Borussią Dortmund. Po sezonie pożegnano go bez żalu, a Bokšić wrócił do Lazio. W sezonie 1997/1998 Lazio zdobyło Puchar Włoch, przez co w następnym sezonie mogło zagrać w Pucharze Zdobywców Pucharów. W lidze zajęło dopiero 7. miejsce, co przyjęto jako porażkę, ale do Bokšicia nie można było mieć pretensji, był jednym z najlepszych zawodników Lazio w sezonie. Zdobył 10 bramek i tylko Pavel Nedvěd zdobył więcej od niego w drużynie (11 goli). W sezonie 1998/1999 doznał ciężkiej kontuzji kolana i stracił prawie cały sezon. Zagrał w 3 meczach ligowych, ale może czuć się zdobywcą Pucharu Zdobywców Pucharów z Lazio. Nie zagrał jednak w finałowym meczu wygranym 2:1 z RCD Mallorca. W sezonie 1999/2000 Bokšić z rzymskim klubem został mistrzem Włoch, ale sam nie był w formie, a w ataku częściej od niego grali Marcelo Salas czy Fabrizio Ravanelli. I jak się potem okazało był to ostatni sezon Alena w Serie A, strzelił w nim tylko 4 gole w lidze w 19 meczach i zdecydował się odejść.