małżeństwo zakończyło się rozwodem w 2000 roku. Z tego związku ma troje dzieci: córkę Stellę oraz synów Tonija i Alena.

Po rozwodzie Bokšić związał się z Jadranką Bokšić (z domu Fržop), którą przez kilka lat ukrywał przed opinią publiczną. Para pobrała się na początku XXI wieku, a w 2004 roku powitali na świecie córkę Laurę.

Po przejściu na emeryturę, Bokšić i jego rodzina, mieszkają głównie w Makarskiej, w chorwackim regionie Dalmacja, gdzie są właścicielami nieruchomości i prowadzą spokojne życie z dala od uwagi mediów.

W 2023 roku wraz z dalszą rodziną rozpoczął odbudowę zabytkowego kościoła we wsi Bokšići w regionie Zagora, swojej rodzinnej miejscowości. Miało to być przedsięwzięcie wspólnotowe i duchowe nawiązujące do jego rodzinnych korzeni.