II wojna światowa W trakcie agresji III Rzeszy i ZSRR na Polskę ewakuował się do Zakopanego, gdzie współzałożył konspiracyjną organizację Czynna Walka. Zagrożony aresztowaniem, przedostał się przez Węgry do Rumunii, gdzie włączył się w działalność Komitetu Centralnego reaktywowanego w Paryżu Stronnictwa Pracy. W marcu 1940 z włoskim paszportem odwiedził Watykan, składając papieżowi Piusowi XII raport z sytuacji w okupowanej Polsce. Stamtąd wyjechał do Angers we Francji i przedstawił ten sam raport prezydentowi RP Władysławowi Raczkiewiczowi, który mianował go swoim kapelanem. 22 maja 1940 w toku kampanii francuskiej gen. Sikorski mianował go komisarzem do zwalczania paniki i defetyzmu w szeregach polskiej administracji. Według diariusza Wojciecha Wasiutyńskiego w sierpniu 1940 Kaczyński wyjechał z Francji do Włoch jako zaufany przedstawiciel rządu z misją poszukiwania kompromisu z państwami Osi. W październiku 1940 dotarł do Londynu, gdzie w rządzie gen. Władysława Sikorskiego został po reorganizacji z listopada 1940 wiceministrem informacji i dokumentacji.