W rządzie Stanisława Mikołajczyka został 14 lipca 1943 ministrem stanu i kierownikiem Urzędu Oświaty i Spraw Szkolnych, ustępując z Rady Narodowej. Po powołaniu rządu Tomasza Arciszewskiego w listopadzie 1944 ustosunkował się do niego negatywnie, określając go „sanacyjnym” i dążąc do powrotu do Polski.
Okres powojenny Po zakończeniu wojny poparł uchwałę o wyjeździe do kraju podjętą przez Zarząd Główny Stronnictwa Pracy na wniosek Popiela 22 czerwca 1945 i powrócił do Polski we wrześniu tego roku. Od razu zaangażował się w działalność odtwarzanego w kraju SP pod przywództwem Popiela. Jednakże w połowie 1946 wystąpił z niego i próbował bezskutecznie utworzyć niezależną partię o charakterze katolickim. Jednocześnie prowadził działalność duszpasterską; od stycznia 1946 był proboszczem parafii Wszystkich Świętych w Warszawie. Przyczynił się do odbudowy zniszczonego w trakcie wojny kościoła pod tym wezwaniem przy ul. Grzybowskiej. Jako ekspert strony kościelnej brał udział w rozmowach ze stroną rządową dotyczących konkordatu, a po ich zerwaniu próbował pośredniczyć w kontaktach rządu z Watykanem. Powrócił też do działalności wydawniczej. Od listopada 1945 był drugim redaktorem naczelnym „Tygodnika Warszawskiego”, organu Kurii Metropolitalnej Warszawskiej.