Powierzył linię ideową pisma byłym działaczom konspiracyjnej organizacji Unia z Jerzym Braunem na czele. Udzielał się również w innych pismach katolickich. Był kandydatem na stanowisko dyrektora mającej być reaktywowaną Katolickiej Agencji Prasowej, ale zamierzenia te zostały storpedowane przez władze. Od 1947 działał w prymasowskim komitecie odbudowy 55 kościołów warszawskich.
Aresztowanie i śmierć thumb|Tablica upamiętniająca ks. Zygmunta Kaczyńskiego na ścianie zewnętrznej kościoła św. Karola Boromeusza na warszawskich Powązkach 31 sierpnia 1948 wraz z członkami komitetu redakcyjnego „Tygodnika Warszawskiego” został aresztowany przez UB, ale już po tygodniu zwolniony, kiedy podpisał zobowiązanie do zachowania tajemnicy i regularnego meldowania się w Urzędzie Bezpieczeństwa Publicznego. 26 kwietnia 1951 ponownie go aresztowano pod zarzutem zamiaru zmiany przemocą ustroju ludowo-demokratycznego państwa polskiego. 29 sierpnia tego samego roku Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie skazał go na 10 lat więzienia pomimo interwencji Watykanu i Episkopatu Polski. 13 maja 1953 ksiądz Zygmunt Kaczyński został zamordowany w więzieniu mokotowskim. W 1958 został uniewinniony i zrehabilitowany.