Dyski twarde thumb|Szuflada na dysk twardy w komputerze Mac Pro. Mac Pro oferował cztery miejsca na wewnętrzne dyski twarde 3,5" SATA. Dyski montowane były na „sankach” za pomocą wkrętów, które były dołączone razem ze stacją roboczą. Podłączenie dysków do stacji roboczej za pomocą kabli nie było konieczne, ponieważ wsunięcie dysku do odpowiedniego miejsca powodowało poprawne działanie urządzenia oraz widoczność dysku przez system. Z tyłu obudowy zlokalizowana została blokada, która uniemożliwiała przypadkowe wysunięcie się dysków. Mac Pro obsługuje także dyski półprzewodnikowe Serial ATA (SSD) w 4 wnękach na dyski twarde za pośrednictwem adaptera sanek SSD na dysk twardy (modele z połowy 2010 r. i późniejsze) oraz przez rozwiązania innych firm dla wcześniejszych modeli (na przykład przez adapter/wspornik, który jest podłączony do nieużywanego gniazda PCIe). Różne 2,5-calowe pojemności i konfiguracje dysków SSD były dostępne jako opcje. Mac Pro był również dostępny z opcjonalną sprzętową kartą RAID. Po dodaniu karty kontrolera SAS lub karty kontrolera SAS RAID dyski SAS można podłączyć bezpośrednio do portów SATA systemu. Dostarczono dwie wnęki na napędy optyczne, każda z odpowiednim portem SATA i portem Ultra ATA/100.