Mac Pro miał w sumie sześć portów SATA – cztery były podłączone do wnęk napędowych systemu, a dwa nie były podłączone. Dodatkowe porty SATA można oddać do użytku za pomocą dodatkowych przedłużaczy na rynku, aby podłączyć wewnętrzne napędy optyczne lub zapewnić porty eSATA za pomocą złącza grodziowego eSATA. Jednak dwa dodatkowe porty SATA nie były obsługiwane i wyłączone w ramach Boot Camp. Mac Pro wbudowany na zamówienie można skonfigurować z maksymalnie 8 TB miejsca (4×2 TB dyski) lub 2 TB (4×512 GB SSD).
Karty rozszerzeń Model z 2008 r. Miał dwa gniazda rozszerzeń PCI Express (PCIe) 2.0 i dwa gniazda PCI Express 1.1, zapewniając w sumie do 300 W mocy. Pierwsze gniazdo było podwójnie szerokie i miało pomieścić główną kartę graficzną, z pustym obszarem o szerokości zwykłej karty obok niego, aby pozostawić miejsce dla dużych chłodzeń, z których często korzystają nowoczesne karty. W większości maszyn jedno gniazdo byłoby zablokowane przez chłodnicę. Na oryginalnym komputerze Mac Pro wprowadzonym w sierpniu 2006 r. Gniazda PCIe można skonfigurować indywidualnie, aby zapewnić większą przepustowość wymagającym tego urządzeniom, łącznie 40 „linii” lub łączna przepustowość 13 GB/s.