Systemy operacyjne Mac Pro oferuje możliwość zainstalowania następujących systemów operacyjnych z procesorem Intel x86: Mac OS X 10.4.7 i nowszy Microsoft Windows XP, Vista oraz Windows 7 32-bitowy i 64-bitowy (Boot Camp zawiera sterowniki) inne systemy operacyjne x86, takie jak Linux x86, Solaris i BSD Jest to możliwe dzięki obecności architektury Intel x86 zapewnianej przez procesor i emulacji BIOS-u, które Apple zapewniło na EFI. Instalowanie jakiegokolwiek dodatkowego systemu operacyjnego innego niż Windows nie jest obsługiwane bezpośrednio przez Apple. Chociaż sterowniki Boot Camp firmy Apple są przeznaczone tylko dla systemu Windows, często można uzyskać pełną lub prawie pełną zgodność z innym systemem operacyjnym za pomocą sterowników innych firm.
II generacja thumb|Mac Pro pod koniec 2013 r. wraz ze zdjętą aluminiową pokrywą cylindra, jak pokazano na WWDC 2013. Wiceprezes Apple ds. Marketingu Phil Schiller przedstawił stworzonego całkowicie od podstaw Maca Pro podczas konferencji Worldwide Developers Conference 2013. Jedynym dostępnym wykończeniem jest czarny, choć pojedyncze czerwone wykończenie zostało wyprodukowane z Product Red. Apple twierdzi, że Mac Pro drugiej generacji osiąga dwukrotnie wyższą wydajność niż ostatni model.