Dostęp do wszystkich gniazd rozszerzeń pamięci, kart PCIe i napędów można było uzyskać przy zdjętym panelu bocznym, a do instalacji nie były potrzebne żadne narzędzia. Procesory Xeon w Mac Pro generowały znacznie mniej ciepła niż poprzednie dwurdzeniowe G5, dzięki czemu rozmiar wewnętrznych urządzeń chłodzących znacznie się zmniejszył. Pozwoliło to na zmianę aranżacji wnętrza, pozostawiając więcej miejsca na górze obudowy i podwajając liczbę wewnętrznych wnęk na napędy. Umożliwiło to również wyeliminowanie dużego przezroczystego plastikowego deflektora powietrza stosowanego jako część układu chłodzenia w komputerze Power Mac G5. Mniej ciepła oznaczało również mniej powietrza do wydostania się z obudowy w celu chłodzenia podczas normalnych operacji; Mac Pro był bardzo cichy w normalnej pracy, cichszy niż znacznie głośniejszy Power Mac G5 i okazał się trudny do zmierzenia za pomocą zwykłych mierników poziomu dźwięku. Włączona rączka i konfiguracja wlotu powietrza chłodzącego z przodu obudowy spowodowało, że entuzjaści komputerów Macintosh nazywali pierwszą generację Mac Pro „tarką do sera”.