Podczas 28 minut spędzonych na parkiecie zanotował 16 punktów (7/13 z gry, 2/2 z wolnych) oraz 13 zbiórek, 3 bloki i asystę, a Orlando pokonało Golden State Warriors 109:98.
Osiągnięcia Marcina Gortata na koniec sezonu zasadniczego: 63 rozegrane mecze, w tym 3 w pierwszej piątce (12,6 minuty na mecz), 239 zdobytych punktów (3,8 na mecz), 286 zbiórek (4,5 na mecz), 53 bloki (0,8 na mecz), 4 double-doubles.
30 kwietnia 2009 Gortat po raz pierwszy wyszedł w pierwszej piątce w fazie playoff w meczu 6. przeciwko 76ers, zastępując zawieszonego Howarda. Zaliczył wtedy 11 punktów, 15 zbiórek, 4 przechwyty i 2 asysty w ciągu 40 minut, a Magic wyeliminował 76ers. W play-offach 2009 Magic z Marcinem Gortatem w składzie pokonali kolejno Philadelphia Sixers 4-2, Boston Celtics 4-3 i Cleveland Cavaliers (z LeBronem Jamesem) w finale Konferencji Wschodniej 4-2, aby dotrzeć do finałów NBA 2009. W finale Magic przegrali 1-4 z Los Angeles Lakers, a Gortat wystąpił we wszystkich pięciu meczach jako pierwszy Polak w historii.