Podgatunek (łac. subspecies lub ssp.) – jeden z taksonów w systematyce organizmów, niższy od gatunku, a wyższy od odmiany.
Kryteria Podobnie jak w przypadku gatunku, podgatunek definiowany jest w kilku pojęciach, m.in. biologicznym, chronologicznym lub ewolucyjnym. W tradycyjnym ujęciu Linneusza za podgatunki uznawano również odmiany, obecnie podgatunek i odmiana są osobnymi pojęciami. Podgatunek tworzą osobniki należące do populacji ograniczonych do określonego terenu (ale niekoniecznie), morfologicznie lub fizjologicznie różne od osobników tego samego gatunku zamieszkujących inne terytoria. Różnice te muszą być dostatecznie wyraźne, ale nie na tyle duże, żeby wprowadzać nowy gatunek. Jednym z powodów różnicowania się podgatunków jest zmienność geograficzna gatunku, która pozwala przystosować się do różnic klimatycznych i środowiskowych na rozległym obszarze występowania.
Biologiczne pojęcie podgatunku opiera się na kryteriach morfologicznych, biogeograficznych i genetycznych, natomiast w paleontologii podgatunek jest często pojmowany w kategoriach chronologicznych.