Arbitralność klasyfikacji Problemem rozróżniania tej kategorii jest brak jednolitego kryterium, które decydowałoby o tym jakie różnice można uznać za cechy podgatunkowe, gdyż kierunki w jakich rozwijają się poszczególne cechy morfologiczne są często odmienne. I tak wartość jednej cechy może wzrastać w miarę posuwania się z południa na północ, wykształcenie innej może zależeć od wysokości położenia n.p.m., jeszcze inne cechy mogą zależeć od charakteru gleby czy wilgotności. Wobec braku ścisłych kryteriów, u niektórych gatunków można określić znaczną liczbę podgatunków. Przykładem może tu być zwykła mysz domowa (Mus musculus) u której swego czasu wyróżniano 133 gatunki i podgatunki, a dla niepylaka apollo (Parnassius apollo) opisano 250 podgatunków. Pojęcie podgatunku trudno jest stosować do gatunków zasiedlających kontynenty o podobnych warunkach ekologicznych, gdzie następuje ciągła zmiana cech w miarę oddalania się, co charakteryzuje gatunki zasiedlające równiny Syberii czy Ameryki Północnej.