Historia Region obecnej prefektury Nagasaki odegrał ważną rolę w historii Japonii i był miejscem znaczących wydarzeń: od frontowej obrony dwóch inwazji mongolskich pod koniec XIII wieku, po prześladowania chrześcijan w okresie Edo (1603–1868) i zrzucenie bomby atomowej na Nagasaki w 1945 roku.
Gdy siogunat w okresie Edo zamknął granice i rozpoczęła się 214-letnia izolacja narodowa w latach 1639–1853 Nagasaki było jedynym portem, który otrzymał zezwolenie na prowadzenie handlu zagranicznego. W związku z tym ogromne zasoby nauki i kultury, nowych towarów, żywności i broni napłynęły do i z Japonii, co w znacznym stopniu przyczyniło się do modernizacji tego kraju. Dziś wiele nowości z tamtego okresu, jak: jedzenie (np. ciasto biszkoptowe kasutera, chleb, piwo, kawa, pasta), architektura (kamienne mosty, budynki faktorii), festiwale (Nagasaki Kunchi Festival, Nagasaki Lantern Festival), kultura, jest obecnych w prefekturze do dziś.
Wyspy Iki i Tsushima, położone w prefekturze Nagasaki, są wymienione w chińskim tekście historycznym Sanguo Zhi (Kronika Trzech Królestw) z III wieku jako najstarsze królestwa Japonii, które komunikowały się z Chinami.