W 1792 roku erupcja wulkanu Unzen na półwyspie Shimabara spowodowała osunięcie zbocza góry Mayu-yama (w tym samym kompleksie wulkanicznym) do zatoki Ariake-kai. Lawina ziemi przeszła przez miasto Shimabara i spowodowała tsunami. Śmierć poniosło 15 tys. ludzi.
Rola Nagasaki jako jedynego portu handlowego zakończyła się wraz z otwarciem kraju na świat w 1853 roku, ale miasto i region podjęły się nowych zadań w procesie modernizacji kraju. Kupcy i przedsiębiorcy, którzy dorabiali się na międzynarodowym handlu i współpracy gospodarczej, budowali rezydencje w zachodnim stylu, które można do dziś zwiedzać.
Jednym z takich ludzi był szkocki kupiec i przemysłowiec, Thomas Blake Glover (1838–1911). Rozwinął on różnorodne przedsiębiorstwa, w tym budowy statków i wydobycia węgla we współpracy z firmą Mitsubishi. Przykładem jest wyspa-kopalnia węgla Hashima (znana również jako Gunkan-jima lub Battleship Island). Dom Glovera jest najstarszym przykładem architektury drewnianej w stylu zachodnim w Japonii.