Jego przyrodnim rodzeństwem byli: Arnulfo (1866), Aquila Clemencia, Francisco Calles Campuzano (1868), Arturo (1872–1934) i Plutarco Elías Malvido (1874–1876).
Młodość mały|240px|Plutarco Elías Calles Calles urodził się w miejscowości Campuzano w Sonorze w 1877 rokuJürgen Buchenau: Plutarco Elias Calles and the Mexican Revolution (2007) s. xvii.. Dorastał w biedzie i niedostatku. Po śmierci matki, w 1897 roku przyjął nazwisko Calles po wuju, Juanie Bautistie Callesie, który go wychował wraz z jego ciotką, Josefą Marią Campuzano. To wuj był zajadłym ateistą i wychował siostrzeńca w duchu antyklerykalnymGonzales, Michael J., The Mexican Revolution, 1910–1940. UNM Press, 2002. s. 203..
Wraz z wujostwem zajmującymi dość dobrą pozycję ekonomiczną przeniósł się do Hermosillo, gdzie ukończył szkołę podstawową. W wychowywaniu Callesa pomagała jego babcia Bernardina Lucero Uriah (1830–1902). W 1888 roku rozpoczął studia w Akademii Nauczycieli, gdzie jego profesorem został Benigno López Serra. Pracował w wielu różnych zawodach. W wieku 17 lat zarabiał jako nauczyciel.